美國Trikinetics果蠅運(yùn)動(dòng)監(jiān)視器DAM2的數(shù)據(jù)分析

簡介：

美國Trikinetics 是一家專注于生物行為監(jiān)測設(shè)備的公司，其DAM（Drosophila Activity Monitor）監(jiān)視器主要用于果蠅（Drosophila）活動(dòng)監(jiān)測，廣泛應(yīng)用于睡眠、晝夜節(jié)律及行為研究。

Trikinetics的DAM監(jiān)視器憑借其高精度、模塊化設(shè)計(jì)和易用性，成為果蠅行為研究的理想工具。

DAM的原始數(shù)據(jù)：

由于監(jiān)控文件（Monitor***.txt ）是簡單的制表符分隔（tab-delimited）文本文件，因此也可以輸入到任何電子表格或數(shù)學(xué)應(yīng)用程序，直接繪制圖表（plotting）或進(jìn)行分析（analysis）。

Monitor***.txt文本文件每行（row）有42列（column）,如上圖所示。綠色框代表有效數(shù)據(jù)，

紅色框代表monitor的編號，黃色框是數(shù)據(jù)類型（Ct, count，計(jì)數(shù)，果蠅阻斷紅外光束），褐色代表有光照（1代表白天，0代表黑夜），藍(lán)色代表阻斷紅外線的次數(shù)。

睡眠分析：

果蠅的睡眠定義為持續(xù) 5 分鐘或更長時(shí)間的不間斷行為不活躍（活動(dòng)計(jì)數(shù)為 0）。因此，任何大于或等于五個(gè)連續(xù)零的時(shí)段（bin的長度1min）都被視為睡眠事件（sleep bout）。

果蠅的睡眠指標(biāo)如上圖。

數(shù)據(jù)分析流程

DAM2的原始數(shù)據(jù)通過Trikinetics的DAMSystem3數(shù)據(jù)采集軟件獲得。原始數(shù)據(jù)可以通過各種軟件進(jìn)行作圖和分析。Trikinetics的上提供了多種收費(fèi)和免費(fèi)的軟件，各有優(yōu)劣。包括：ShinyR-dam，PySolo，SCAMP，Rythmically，Counting macro，Rethomics，VANESSA，SleepMat，Phase... 溪拓科技提供部分軟件的分析服務(wù)。